Wolf's Rain spielt in einer post-apokalyptischen Zukunft, in der ein großer Teil der Welt ökologisch zerstört ist und viele Menschen in Armut leben. Es wird von einer Legende erzählt, nach der die Wölfe den Weg ins Paradieskennen und jeden vor dem Ende der Welt dorthin führten. Diese Legende ist für viele schwer zu glauben, da Wölfe seit 200 Jahren als ausgestorben gelten. Die Wahrheit ist jedoch, dass die Wölfe ihre Tarnkünste perfektioniert haben. Sie besitzen die Fähigkeit ein menschliches Aussehen anzunehmen, was Sprechen und Fingerfertigkeit einschließt, während sie ihre wölfischen Sinne, Schnelligkeit und natürliche Waffen, bewahren. Wolf's Rain scheint jedoch höchstens vordergründig eine typische Werwolfserie zu sein. So wird auch die menschliche Form der Wölfe eher als geistiger Trick, denn als körperliche Veränderung dargestellt. Zudem sind die Wölfe auf charakterlicher Ebene den Menschen gleichgestellt; ihre ursprünglich animalistischen Züge sind meist nur noch in Nuancen erkennbar.

Kiba (キバ (牙), Fangzahn):
Der Anführer des Rudels. Kiba folgt seinen Instinkten. Er kann die Anwesenheit des Blumenmädchens riechen und begibt sich auf die Suche nach ihr. Er ist Menschen gegenüber misstrauisch und anfänglich lehnt er es sogar in Städten ab, eine menschliche Form anzunehmen. Nachdem er Cheza getroffen hat, versucht er alles, um sie zu beschützen und mit ihrer Hilfe ins Paradies zu gelangen, was nur Wölfen zugängig ist. Er ist in dem kleinen Rudel der einzige einfarbige Wolf.

Tsume (ツメ (爪), Klaue):
Tsume ist ein grauer Wolf, der zu Beginn eine menschliche Straßenbande anführt. Er verlässt sich nur auf sich selbst. Anfänglich glaubt er nicht ans Paradies und folgt den anderen nur wegen des Instinktes sie zu beschützen und Teil eines Rudels zu bleiben. Kennzeichnend für ihn ist die kreuzfömige Narbe, die er als Wolf wie als Mensch auf der Brust trägt. Insgeheim ist Tsume neidisch auf Toboe, da er ein Zuhause hatte und Menschen, die ihn liebten.

Hige (ヒゲ (髯), Schnurrhaar):
Hige scheint am besten zu wissen, wie man unter Menschen überlebt. Er trägt ein Halsband, hinter dem ein dunkles Geheimnis steckt. Wenn er nicht gerade mit dem Magen denkt, benutzt er seine Sinne mehr als der Rest. Hige schaut auch gerne mal nach hübschen Frauen. Kiba steht ihm am nächsten und er verspricht, dass er mit ihm kommt.

Toboe (トオボエ (遠吠え), Heulen):
Toboe ist 2 Jahre jünger als der Rest der Truppe. Er wuchs in der Stadt unter der Obhut einer alten Dame auf, von der auch seine Armreifen stammen, welche er jedoch versehentlich tötete. Ebenso den Falken des Mädchens Leara, mit der er Freundschaft schließen wollte. Sein Leben als 'Schoßhund' hat ihm jedoch sehr viel Einfühlsamkeit gegeben, welche von Tsume, den er sehr bewundert, nur als Schwäche angesehen wird und macht ihn zum Ängstlichsten im Rudel.

Blue (ブルー (Burū), Blau):
Blue war das Haustier der Yaidens. Nach der Zerstörung von Curious und dem Großteil ihrer Familie geht sie mit Quent auf die Jagd nach Wölfen. Sie kann sie aufspüren und erkennen, da sie selbst ein Halbwolf ist, was sie aber erst erkennt, als sie auf Cheza trifft. Nun kann auch Blue wie andere Wölfe eine menschliche Form annehmen und mit Menschen sprechen.

Cheza (チェザ):
Sie ist das Blumenmädchen, ein Mädchen, das künstlich durch verlorenes naturwissenschaftliches und alchemistisches Wissen aus einer Lunar (Mond-) Blume erschaffen wurde. Sie hat eine besondere Bindung zu Wölfen und soll der Schlüssel sein, um das Paradies zu öffnen und die Wölfe dorthin zu leiten.

Cher Degre:
Sie ist eine Wissenschaftlerin, die das Blumenmädchen erforschen will. Sie scheint fasziniert von Cheza und will sie sowie ihren Zweck verstehen.

Hubb Lebowski:
Ein polizeilicher Fahnder und der Ex-Mann von Cher Degre. Er liebt sie immer noch sehr und versucht sie zu beschützen. Häufig fragt er witzelnd, ob er und sie noch eine Chance hätten.

Quent Yaiden:
Er ist der Ex-Sheriff der Stadt Curious. Er hat sein Leben der Jagd nach Wölfen gewidmet, die er für die Zerstörung seiner Stadt und den Tod seiner Familie verantwortlich macht. Sein einziges Anliegen scheint die Rache an den Wölfen und die Suche nach einem harten Drink zu sein. Obwohl er weiß, dass Blue, sein Haustier, selbst ein Halb-Wolf ist, tötet er sie nicht, weil sie ihn an seine Familie erinnert und sie die Einzige ist, die er noch hat.

Darcia:
Dritte Generation der Darcias, einer ehemals stolzen, doch mittlerweile heruntergekommenen Adelsfamilie. Er hat Cheza erschaffen und ist in das Geheimnis um diese und das Paradies involviert. Er versucht mittels Cheza seine Geliebte Hamona wieder zu beleben, die von der Paradieskrankheit erfasst wurde und nahezu tot erscheint